在双子岛的最深处可以找到急冻鸟，需要将岩石推下洞挡住急流才能遇到它。无人发电厂内部藏着闪电鸟，火焰山的山顶则是火焰鸟的栖息地。这三只传说中的鸟类宝可梦等级都在50级左右，准备好足够强力的队伍再去挑战它们比较稳妥。超梦隐藏在超梦山洞的最深处，等级高达70级，建议后期再去尝试捕捉。梦幻则藏在红莲岛的建筑物里，需要拿到秘密钥匙才能进入特定楼层。
雷公、炎帝和水君这三大神兽需要完成主线任务后才能遇到，它们分别出现在岩山顶端、熔岩洞深处和瀑布底部。洛奇亚位于第八座彩虹岛的右下方，等级高达70级，挑战前记得多带些恢复道具。迪奥西斯在第九座彩虹岛上，拼完拼图后会出现30级的它。冰神柱、钢神柱和岩神柱分别分布在双子岛、无人发电厂和1号岛附近的草丛中，这些神兽都为钢属性或冰属性，用火系招式对付它们效果不错。
1号岛的火焰山地下藏着古拉顿，幽灵塔顶楼可以遇到吉拉奇。红水督和蓝水督分布在7号岛底部海域，需要用超级钓竿才有机会钓到。凤王出现在1号岛山顶的草丛中，雪拉比则在3号岛左侧的森林里游荡。这些神兽的出现往往需要满足特定条件，比如获得特定徽章或道具后才能遇到，平时多探索地图各个角落总会有意外收获。
捕捉神兽时记得带上足够的高级球和状态异常道具，睡眠粉和麻痹粉能大幅提高捕捉成功率。了解每种神兽的属性和弱点很重要，用克制属性的招式削弱它们体力会轻松很多。有些神兽会在特定天气出现，比如下雨天更容易遇到水系神兽。保持耐心很重要，某些神兽需要反复尝试才能遇到，不要轻易放弃。
双子岛的急冻鸟需要按特定顺序推石头堵住瀑布，火焰山的火焰鸟要用怪力术推开拦路岩石。无人发电厂的闪电鸟藏在最深处，穿过复杂地形才能见到它。超梦山洞路线错综复杂，准备好闪光技能照明会方便很多。红莲岛的秘密钥匙需要通过支线任务获得，平时多和NPC对话能发现不少隐藏线索。
神兽的分布贯穿整个游戏地图，从关东地区到各个岛屿都有它们的踪迹。剧情推进，更多神兽会逐渐解锁出现。记得经常查看图鉴更新情况，有些神兽需要完成特定事件后才会现身。带着会冲浪和飞行的宝可梦能让你到达更多隐藏区域，说不定就能偶遇稀有神兽。合理搭配队伍属性，针对不同神兽做好充分准备，这样遇到时就不会手忙脚乱了。
